De verhuizing naar Utrecht had grote gevolgen voor de collectie: alle kasplanten verhuisden mee en de kassen en het leslokaal verdwenen uit het park. Alleen de Wintertuin bleef staan en kreeg verschillende bestemmingen tot dat de kas, die inmiddels een rijksmonument was geworden, verhuurd werd aan een kunsthandelaar.
Wat de Universiteit echter niet mee kon nemen was de karakteristieke park aanleg, die nog steeds in grote lijnen bewaard was gebleven en uiteraard de bomen en veel struiken, die deels functioneel zijn voor de historische tuinaanleg als zodanig, deels een grote botanische en cultuurhistorische waarde hebben.
Al spoedig na de overdracht werd een belangrijk stuk in de zuidelijke punt van het park afgestaan voor de inrichting van een kinderboerderij. Vanuit de bevolking en de Historische Kring Baerne werd in toenemende mate kritisch gekeken naar de manier waarop de gemeente met het bomenbezit en de monumenten omging. Dat leidde in 1993 tot een discussie in de Baarnsche Courant, waarna enkele tientallen verontruste Baarnaars de koppen bij elkaar staken om te komen tot een organisatie die de gemeente bij het beheer zou gaan adviseren en waar mogelijk helpen
De gemeente had een beheerder voor het park aangesteld die belangrijk werk deed voor dagelijkse beheer van wat er in het park was overgebleven. Er ontbrak echter een visie op de toekomst en een plan dat gericht was op het niveau houden van de grote meerwaarde van het park. Bij de gemeente ontbrak de juiste expertise en de mogelijkheden van de universiteit om zich met het park bezig te houden werden om allerlei redenen steeds kleiner. Daarnaast bleek wel dat het park, juist vanwege die meerwaarde, grote aantrekkingskracht voor liefhebbers en vakmatig betrokkenen behouden had.
In 1993 werd daarom de Stichting Vrienden van het Cantonspark opgericht, met als hoofddoel het promoten van het park als een bijzondere voormalige botanische tuin van grote waarde en het adviseren van de gemeente Baarn. De Stichting stond en staat nog steeds voor het combineren van de twee belangrijkste funkties die het park momenteel nog heeft: een waardevolle en (inter-)nationaal hoog gewaardeerde voormalige botanische tuin en het feit dat het park een stuk openbaar groen is, met uiteraard beperkingen die te maken hebben met de eerst genoemde funktie.